Testy DNA psů:smíšené výsledky

Jednoho nádherného jarního dne v Montaně jsem se vracel z dovádění v horách se svými třemi psy, když jsme vyšli z lesa na louku, plnou zpěvných ptáků a spousty volně se pasoucích krav. Moji spolucestující rychle objevili ke své naprosté radosti čerstvé, lahodné kravské koláče.

Napadlo mě však, že jsem neznal status MDR1 (gen multidrogové rezistence) nejnovějšího člena mé třípsí posádky, Hapa. MDR1 je genetická predispozice k nežádoucím reakcím na více než tucet běžných veterinárních léčiv a gen se vyskytuje převážně u pasteveckých plemen. Zdá se, že Hap je převážně border kolie s možná, jen možná, špetkou australského ovčáka, takže tato predispozice by ho v této situaci mohla vystavit nebezpečí. Krávám se často podává ivermectin jako antiparazitární prostředek a lék lze nalézt krátce poté v jejich trusu; konzumace tohoto trusu může způsobit smrtelnou reakci u psa s mutací MDR1. K velkému zděšení své posádky jsem tedy uvalil moratorium na odpolední vzorkování koláčů a vydali jsme se pěšky do západu slunce.

Když jsme se vrátili domů a já jsem začal vyhledávat informace o testování MDR1, dozvěděl jsem se, že mnoho genetických testů pro typizaci plemen nyní zahrnuje také testy genetického zdraví, včetně testování na mutaci MDR1. Říkal jsem si, proč nevyřešit záhadu Hapova plemenného mixu a zároveň nezískat zdravotní informace? Znělo to jako zábava!

Jak fungují testy DNA psů?

Zatímco některé z raných identifikačních testů smíšených plemen používaly vzorek krve, všechny produkty na trhu dnes extrahují DNA z buněk, které majitel psa odebral z vnitřní strany psí tváře. Tampon je zapečetěn v nádobě poskytnuté společností a odeslán poštou do laboratoře společnosti. Tam technici extrahují DNA vašeho psa z výtěru a pomocí počítačů identifikují a porovnávají jeho konkrétní kousky s kousky odebranými od psů známého původu.

Genom psa obsahuje asi 2,5 miliardy nukleotidů (stavební kameny DNA); výzkumníci se zaměřují „jen“ na asi 200 000 těchto jednotlivých genů – nebo spíše na mikrosatelity nebo opakující se sekvence DNA nazývané jednonukleotidové polymorfismy (SNP, vyslovované „ústřižky“), které tvoří typické znaky různých plemen.

Výzkumníci musí mít dostatek SNP od dostatečného množství čistokrevných zástupců každého plemene, aby měli adekvátní řadu SNP, se kterými mohou porovnat SNP vašeho psa. Čím větší je firemní databáze vzorků čistokrevných psů, tím lépe. Když se společnosti zcela nepodaří navrhnout předky kandidátských plemen, která jsou jen vzdáleně pravděpodobná, je pravděpodobné, že jí ve svých databankách chybí dostatek plemen, aby nalezla dobré shody pro SNP vašeho psa.

Společnosti, které nabízejí testy DNA smíšených plemen

DNA Můj pes

– Test identifikace plemene mého psa DNA , 69 dolarů. Identifikace 92 plemen.
– DNA My Dog Breed Test plus test vlčího kojota , 89 dolarů.
– DNA Breed Identification Test plus úplný genetický screening , 189 dolarů. Zdravotní screening identifikuje více než 100 nemocí.

Embark Veterinary, Inc.

– Vydejte se na test DNA psa , 199 dolarů. Identifikace více než 175 plemen a více než 160 nemocí. "Testujeme 20krát více genů vašeho psa než jiné testy DNA psů."

Panel moudrosti

– Detekce plemene psů , 85 dolarů. Identifikace pro 250+ plemen plus screening MDR1 a kolapsu vyvolaného cvičením (EIC) na citlivost na léky a cvičení.
– Detekce onemocnění Canine Breed Plus , 150 dolarů. Identifikace pro více než 250 plemen, plus screening MDR1 a kolaps vyvolaný cvičením (EIC) plus pokročilý zdravotní screening pro více než 150 genetických zdravotních stavů.

Když vzhled vašeho psa klame

To znamená, že když se rozmnožují psi různých předků, výsledná mláďata mohou vizuálně zcela připomínat jiná plemena – ale genetické znaky zděděné od jejich rodičů jsou výmluvnější než oko nejchytřejší pro psy. Vezměte si například Claru. Clara je záchranářský pes z útulku, adoptovaný jako mladý dospělý, o kterém se předpokládalo, že je převážně labrador, s trochou něčeho středně velkého ve směsi. Její majitelé, Gianna a Kip Savoie, uhodli, že má někde ve své linii pastevecké plemeno, vzhledem k mnoha chování podobným border kolii, které viděli.

Poslali výtěr z její tváře Embarkovi k analýze. To, co se vrátilo, bylo většinou to, co předpokládali:labradorský retrívr, splash border kolie, ale s několika menšími překvapeními a jedním velkým překvapením. Tento krátkosrstý černý pes byl ve skutečnosti prohlášen za zlatého retrívra (38 procent!) než cokoli jiného.

Na základě nejostřejšího vizuálního posouzení se to může zdát jako chyba, ale ve skutečnosti je to vysoce proveditelné.

Zlatí retrívři nesou černý gen, který se projevuje v jejich nosu, polštářcích chodidel, jejich okouzlující tlusté černé oční vložce, ale ne v jejich srsti. Černá je blokována žlutým genem, který je recesivní, stejně jako jejich charakteristické luxusní dlouhé zámky. Ze zlatého retrívra vyšlechtěného na psa postrádajícího geny pro žluté zbarvení a dlouhou srst, jako je černý labrador, by tedy vznikl černý pes s krátkou srstí – pes, který vypadá hodně jako Clara.

Některé výsledky DNA záhadného psa…

Na komediálnějším konci spektra, Hap, můj šťastný, chmelený, létající kříženec border kolie/mystery-breed byl Panelem moudrosti prohlášen za 88 procent border kolie a z 12 procent – ​​připraven na to? – Bostonský teriér! Když jsem za 20 let, co zde žiju, nikdy neviděl Bostonského teriéra v Montaně, připadalo mi to vysoce nepravděpodobné.

Jelikož žiji ve venkovské oblasti plné rančů a útulek, ze kterého jsem tohoto chlapíka získal, je malý a spíše připomíná záchranu pasteveckého psa než obyčejný útulek s otevřenými dveřmi, snažil jsem se představit si, odkud by se geny bostonského teriéra mohly vzít. . Na druhou stranu, Hap je rozhodně nejhravější, nejspolehlivější pes, kterého znám, a tyto vlastnosti odpovídají typu osobnosti bostonských teriérů, se kterými jsem se setkal, takže možná. Možná tudy procházel Boston Casanova, který navštívil ranč v pravý čas. Mohou se stát zvláštní věci.

Ale někdy výsledky testují hranice důvěřivosti. Vezměme si jako příklad výsledky vrácené DNA My Dog ze vzorku od Otty, psa vysoce smíšeného plemene patřícího editorce WDJ Nancy Kernsové. Otto byl testován několika společnostmi (viz „Ottovy výsledky“ níže). Dvě společnosti s největší databází plemen vrátily poměrně podobné výsledky. Ale DNA My Dog, mnohem menší společnost, vrátila výsledky, které byly nejen zcela nepodobné výsledkům dvou větších společností, ale také neuvěřitelně nepravděpodobné. Je vysoce nepravděpodobné, že by navrhovaná plemena byla přítomna v Ottově geografické oblasti původu, a ještě méně pravděpodobně budou přítomna v identifikované kombinaci.

Když výsledky psí DNA nedávají smysl

Společnosti, které tuto službu nabízejí, mají několik standardních vysvětlení výsledků, které se nezdají být smysluplné.

Žádná ze společností by nepřiznala, že jejich referenční databáze nemají dostatečnou velikost, aby přesně identifikovaly SNP od vašeho psa – ale mohou naznačovat, že by to mohla být pravda o jejich konkurentech.

Všechny společnosti rychle vysvětlí, že existují statisíce genů, které jsou zodpovědné za vzhled psa, a že mnoho kombinací plemen vede k psům, kteří vypadají velmi odlišně, než byste očekávali od této směsi plemen.

Také geny u smíšených plemen se ne vždy kombinují stejným způsobem u všech kamarádů z vrhu, takže velikost a fyzické a behaviorální charakteristiky ve stejném vrhu štěňat se mohou a často se liší, někdy až divoce.

Vysvětlují také, že složitost směsi vašeho psa ovlivní přesnost výsledků. Kříženci první generace mezi dvěma čistokrevnými rodiči jsou relativně snadno identifikovatelní, ale psy, kteří nemají žádné čistokrevné předky během několika generací, je mnohem těžší identifikovat s velkou jistotou, protože délka zděděných SNP, které jsou jedinečné pro čistokrevné psy, se stává mnohem kratší s každou generací potomků smíšeného plemene.

Problémy s identifikací mohou také nastat, když existuje mnoho rozdílů v rámci určitého typu plemene, jako v případě australských ovčáků a border kolií, kde máte linie chované v terénu a linie chované na výstavě. Genetické podpisy v databázích společností obvykle odpovídají liniím chovaným na výstavě, takže Australané a BC mohou být dokonce přiřazeni k úplně jinému plemeni.

Embark i Wisdom Panel usnadňují spotřebitelům je kontaktovat a klást otázky ohledně výsledků jejich psů. Zavolal jsem a požádal zástupce z Wisdom Panel, aby se mnou zkontroloval Hapovy výsledky a bylo mi řečeno, že statistická spolehlivost nálezu Bostonského teriéra byla marginální, což znamená, že je vysoká pravděpodobnost, že tento výsledek není správný. Hap mohl mít 12 procent něčeho, co není zastoupeno v databázi Wisdom Panel (jako jsou australští ovčáci chovaní v terénu), ale protože tento jedinečný podpis v současné době v databázi neexistuje, byl přiřazen k plemeni s nejbližším odpovídajícím genetickým podpisem. Bylo mi řečeno, že Hapova zpráva bude aktualizována, jakmile budou do databáze přidány nové informace.

Který test psí DNA je nejlepší?

Z dostupných značek se Embark a Wisdom Panel zdají být nejtransparentnější ohledně svých metodologií a informací dostupných v jejich databázích. Oba své produkty často aktualizují a zároveň jsou přístupní, aby odpovídali na dotazy spotřebitelů. Díky tomu se oba dostali na vrchol mé knihy. Pamatujte však, že základní test Wisdom Panel 4.0 Breed Detection stojí méně než polovinu ceny testu Embark.

Jiné společnosti, jako je DNA My Dog, mají relativně malou databázi s 92 plemeny, informace o jejich metodice jsou k dispozici velmi skrovné a bylo pro mě obtížné najít i kontaktní informace, abych mohl klást otázky.

I když se komerční genetická typizace plemen stále vyvíjí, je zajímavá a směšně zábavná, která něco stojí. Více společností nabízí také screeningy genetického zdraví, které se mohou ukázat jako užitečné pro dlouhodobou zdravotní péči o vašeho psa. Mnohé z toho nemusí být použitelné na vašeho konkrétního čtyřnohého přítele, takže než utratíte peníze, nezapomeňte se poradit se svým veterinářem, abyste zjistili, co vám on nebo on doporučuje.

Ottovy výsledky

Ottovy výsledky se za posledních osm let změnily, nepravděpodobný Basenji zmizel a ve směsi se objevilo plemeno tyran a australský honácký pes. Všimněte si, že výsledky poskytnuté dvěma předními poskytovateli testů smíšených plemen jsou zatraceně podobné – a že výsledky nejmenší společnosti nabízející tuto službu hraničí s fantazií. (Tato plemena jsou v oblasti Ottova původu velmi neobvyklá a byla by ještě méně běžná u stejného psa.)

2009:Panel moudrosti

Německý ovčák
Basenji
Čau čau
Border kolie

2016:DNA My Dog

Úroveň 3 (20%-36%):Kolie, Nova Scotia Duck Tolling Retriever
Úroveň 4 (10%-20%):anglický setr, norský elkhound

2016:Panel moudrosti

12,5% Americký stafordšírský teriér
12,5 % Australský honácký pes
12,5 % border kolie
12,5 % čau-čau
12,5% německý ovčák
37,5 % (smíšené)

2018:Naloďte se

21,3 % Americký pitbulteriér
14,1 % Australský honácký pes
13,2 % Německý ovčák
12,3 % čau-čau
10,3% labradorský retrívr
8,0 % border kolie
4,3 % rotvajler
16,5 % („Supermutt“)

Kathryn Socie-Dunning žije se svým manželem a třemi psy v Montaně.